После смерти
Рин от руки
Какаши Обито изменился: его больше не заботили его деревня, друзья и собственное имя, так как он стал презирать мир синоби, который заставил
Рин умереть. После мнимой смерти присваивает себе имя союзника
Тоби, под которым руководит организацией Акацуки. Также
Тоби какое-то время действует под именем
Мадары Учихи.
Его цель — воплотить план
Мадары и создание нового мира с помощью «Глаза луны». Ради новой цели Обито совершал ужасные поступки, посчитав их в благо нового мира, в котором всё можно восстановить. Теперь он готов пожертвовать не только собой, но и своими союзниками, если они не имеют никакого дальнейшего действия для него. Как отметил
Мадара, Обито способен обретать союзников, наживаясь на тьме в их сердцах, и манипулировать ими. Став тайным лидером Акацуки, Обито считал членов организации лишь инструментами, подходящими для выполнение его цели.
Пока он был
Тоби, его характер отличался от характеров других членов Акацуки и являлся противоположностью характера
Мадары. Он насмехался как над своими союзниками, так и над своими врагами, и, похоже, не воспринимал жизнь всерьёз, за что иногда получал. Также, по словам других членов Акацуки,
Тоби — специалист в бегстве. Всё это изменилось после смерти
Итачи.
Под именем Тоби Обито предстаёт как очень сильный и умный синоби. Он действует очень продуманно и стратегически. Прежде чем начать бой, он анализирует способности своего противника. По его словам, его жизнь была сплошным полем боя. Из-за войн и битв он потерял веру в то, что синоби когда-либо смогут жить мирно. Возможно, это и есть причина создания Акацуки и плана «Глаз луны». При этом он считает, что цель оправдывает средства, в чём он похож на
Нагато и
Данзо. Он готов убрать всех, кто выступает против его идеологии, и не боится объявить Четвёртую Мировую Войну Синоби.
Он ненавидит клан Сэнджу и наследника воли огня, которого видит в
Наруто. Обито склонен недооценивать своих противников, как это произошло в сражениях против
Конан и
Минато. По сравнению со многими другими антагонистами, он ценит работу своих помощников и признаётся, что без их помощи не зашёл бы так далеко.
Несмотря на всё это, ему не важна его личность, если он в состоянии завершить свой план. Это свидетельствует о том, что
Тоби одержим своей идеей.
После того, как план
Кабуто захватить оставшихся дзинтюрики проваливается,
Тоби начинает готовиться к войне. Между тем он вставляет в свою левую глазницу риннэган
Нагато. Вместе с призванной
Кабуто с помощью «Эдо Тэнсэй» армией и созданной
Тоби сотней тысяч белых
Зэцу, которые передвигаются под землёй, они отправляются на войну против Альянса.
Тоби временно скрывается в убежище. Когда
Кабуто побеждает
Анко, которая удивительно близко подобралась к убежищу, он говорит, чтобы
Тоби отправлялся на поле боя, чтобы сражаться, а он будет находиться в тени и контролировать свои войска. Однако
Тоби подозревает, что
Кабуто планирует, что он и Альянс уничтожат друг друга.
Тоби думает, что этот план провалится, так как это он контролирует
Кабуто, а не наоборот. Позже
Тоби заставляет
Кабуто рассказать ему всё об «Эдо Тэнсэй», в том числе и как его остановить, чтобы
Кабуто не направил свою армию против него самого. В течение войны
Тоби решает завершить свой план и призывает на поле битвы в Стране Молнии Гэдо Мазо. Чуть позже он появляется с призванными
Кабуто при помощи «Эдо Тэнсэй» дзинтюрики, которых называет новыми «Пейн Рикудо».
С ними
Тоби направляется к оставшимся дзинтюрики —
Наруто и
Би. При встрече
Наруто таранит своей головой голову
Тоби, после чего оба отлетают.
Наруто спрашивает, кто он такой, на что
Тоби отвечает, что он никто и не хочет быть кем-либо. Единственное, чего он хочет — завершить план «Глаз луны». На протяжении битвы появляются
Гай и
Какаши, и
Наруто удаётся уничтожить кокусин, который соединял Сон Гоку и Роси, после чего
Тоби запечатывает Йонби в Гэдо Мазо. Он заявляет, что не собирается провести вечность, сражаясь с
Наруто и другими, и заставляет оставшихся дзинтюрики принять форму их бидзю. В дальнейшем ходе сражения
Наруто удаётся вытащить все кокусин из шей бидзю, вынуждая
Тоби запечатать их всех в Гэдо Мазо. Позже он начинает возрождение Джуби, и выясняется, что у него та же форма мангэкё сярингана, что у
Какаши. В конечном счёте его атакует
Наруто в режиме бидзю, из-за чего маска разлетается на части, раскрывая истинное лицо и личность Обито. На вопрос
Какаши, как ему удалось выжить, Обито отвечает, что он выжил из-за смерти
Рин. После неудавшейся атаки к Обито присоединяется
Мадара Учиха. Ему Обито отдаёт Гунбай, и
Мадара отправляется за
Хачиби и
Кьюби, в то время как Обито предстаёт перед
Гаем и
Какаши. После возрождения Джуби Обито решает перетянуть
Наруто на свою сторону, конфронтируя его с пустотой жизни и отчаянием смерти его друзей. Позже Обито отправляется вместе
Какаши в измерение Камуй, где между ними начинается разговор. После разговора Обито рассказывает
Какаши о
Рин и о том, что он всё знал с самого начала. В последующем поединке
Какаши пронзает его грудь «Райкири», и тот бежит из измерения. После его появления на голове Джуби
Мадара не видит другого выхода и использует правую половину тела Обито, чтобы контролировать его, и заставляет использовать «Риннэ Тэнсэй,» чтобы воскресить себя. После неудачной попытки Обито становится дзинтюрики Джуби.
В последующей битве против
Наруто,
Саскэ и остальных синоби Альянса Обито попадает в мир своих мыслей, где сталкивается с
Наруто. Тот пытается отговорить его от плана «Глаза луны» и вернуться обратно в Коноху. После отказа Обито синоби удаётся вытащить из тела Обито всех бидзю, после чего его кожа начинает шелушиться, и тело принимает свой обычный облик; Обито падает на землю, вспоминая
Рин. Чёрная половина
Зэцу появляется из-под земли рядом с ним, захватывает его тело и заставляет Обито воскресить
Мадару при помощи «Риннэ Тэнсэй». Как известно, применивший эту технику умирает. Чёрный
Зэцу хочет забрать риннэган Обито, поэтому использует тело умирающего Обито в бою против
Какаши и
Минато.
После воскрешения
Мадары тот захватывает всех бидзю и запечатывает в себе вновь возрождённого Джуби. В попытке
Мадары переманить Обито обратно на свою сторону, чтобы получить свой глаз, последний пронзает его, похищая часть чакры
Хачиби и
Ичиби, а также часть сэнчакры
Мадары, создавая в своей руке Сякудзё. В начинающейся битве против
Мадары Обито, контролируя чёрного
Зэцу, перемещает себя,
Наруто и
Сакуру в измерение Камуй и запечатывает янчакру
Курамы в умирающего
Наруто, спасая его. Позже он просит
Сакуру уничтожить левый риннэган
Мадары, но та медлит, и риннэган попадает в руки законного владельца. После предательства
Зэцу и возрождения
Кагуи Обито один из немногих, кому удалось спастись от «Мугэн Цукуёми» благодаря чёрному
Зэцу. Сперва он помогает
Наруто,
Саскэ,
Сакуре и
Какаши в битве против
Кагуи и
Зэцу, а затем погибает после попадания техники
Ооцуцуки.